1897年4月8日，上海交通大学前身南洋公学建校开学。
南洋公学1896年（光绪二十二年）12月，清大理寺少卿盛宣怀创设于中国上海。与北洋大学堂同为中国近代历史上中国人自己最早创办的大学。1897年4月8日开学，先设师范院，招生40名，兼习中西各学，合格者选为公学中院、上院教习，此为中国师范教育的开端。同年秋，又设外院（附属小学堂），招生120名，年龄在10～18岁之间。1898年春，继设中院（二等学堂），考选学生20名。1900年，续建上院（头等学堂），实现了四院并设的计划。其《章程》规划了一种新的学校制度：外、中、上3院学生各120名，每院学生按程度分4班，每班30人，每年依次升一班，外院结业递升中院，中院结业递升上院，上院4年学成给予毕业文凭。3院相衔接的教育制度的实行，便成为中国近代大、中、小学3级制的雏形。公学为培养自强人才而设，其重点为上院。教育内容主要“以通达中国经史大义厚植根柢为基础，以西国政治家日本法部文部为指归，略仿法国国政学堂之意”。为国家培养内政、外交、理财3方面的人才。其后因随政局的发展，办学目标渐有变化，在1907年前以培养政治经济人才为主，1907年以后以培养工业交通人才为主。由于经费来自招商、电报两局，两局隶属关系的变化，也影响学校而变更校名。1905年名为商部高等实业学堂，1906年名为邮传部上海高等实业学堂，1912年名为交通部上海工业专门学校，1921年与唐山工业专门学校，北京邮电学校、交通传习所合并调整，始名为交通大学。该校经济条件较优，设备也较其他工科大学完善。毕业生成绩优异者，送往日本、比利时、英国和美国留学或实习。南洋公学曾造就了一批科学技术人才，对中国近现代工业交通的发展，作出了贡献。
由于19世纪末天津发生义和团运动，因此北洋大学堂的师生被波转移到南洋公学继续教学，从而近代中国第一批大学毕业生是在南洋公学毕业的。
南洋公学因为地处上海租界，较少受战火侵扰。当时教学所用全为麻省理工学院的原版教材，时称“东方MIT”。
1955年，鉴于当时的国际形势，同时也为支援西北教育建设，国务院决定交通大学在1955年至1957年两个学年中分批迁往西安。1956年暑假，西安新校舍落成，学校第一批西迁开始。最后实验设备，图书（约92%）和档案的大部分，约60%的师生迁至西安，而其余则留在上海。交通大学分为交通大学西安部分和交通大学上海部分。
1959年7月31日，经国务院批准，交通大学两部分独立建校，分别成立上海交通大学和西安交通大学。此时上海交通大学有19个专业，西安交通大学有23个专业。上海交大是为教育部和上海市共建的全国重点大学，被国家确定为２１世纪首批重点建设的若干所大学之一。