1946年5月4日在重庆正式成立。主要创始人是许德珩、潘菽、涂长望等。抗日战争期间，许德珩、潘菽、涂长望、梁希、金善宝等一批进步学者，为争取抗战胜利和政治民主，于1944年底创立了“民主科学座谈会”，表明继承发扬五四运动的反帝爱国传统、提倡民主、科学精神，讨论时局，发表政见。后为纪念1945年9月3日抗日战争和国际反法西斯战争胜利这一历史性日子，改建为九三学社，并于1946年5月4日正式举行成立大会。提出实行民主政治，反对官僚政治，学术思想自由，奖励科学研究，普及国民教育，提高文化水平的主张。选举褚辅成，许德珩、潘菽、涂长望等为常务理事，梁希、卢于道等为常务监事。九三学社成立后，团结和联系了一批进步的科技界高级知识分子，积极支持中共的各项主张，在北平、上海、南京、重庆等地积极参加中共领导的反内战、反饥饿、反迫害的民主运动。
1949年1月，该社发表宣言，响应中共八项和平主张，拥护召开新政协。1949年9月，九三学社作为党派单位派代表参加了一届政协全体会议，梁希还担任了林垦部部长。建国后，该社接受中国共产党的领导，以《共同纲领》作为自己的政治纲领，坚持“长期共存、互相监督”的方针，参与国家政治生活中重大问题的协商，参加中央和地方政府的工作，团结推动成员和所联系的人士积极投入社会主义新时期以来，九三学社坚决贯彻社会主义初级阶段的基本路线，认真履行参政议政、民主监督的职责，就教育、科技、知识分子和经济建设等方面的重大问题提出了许多很好的意见和建议。在面向社会开展智力开发、科技咨询、讲学办学和支边扶贫工作中，在推动成员和所联系的广大科技、高教和医卫界专家学者做好本职工作，为改革开放和现代化建设服务的工作中，为协调社会关系，维护安定团结和政治局面工作中，在为促进祖国统一服务，积极开展海外联络的工作中都出了重要贡献。
目前，除香港、台湾、西藏外，九三学社在全国30个省、自治区、直辖市建有地方组织，现有成员6.8万余人。九三学社发展成员以大中城市为主，以科学技术为主，以有一定代表性的高中级知识分子为主。九三学社的历任主席许德珩、周培源，现代主席吴阶平。