广州军政府大门
1917年9月10日,孙中山在广州就任军政府大元帅,并痛斥北京政府拒绝恢复《临时约法》和国会,表示要尽大元帅之职,戡定内乱。非常国会还选出唐绍仪、伍廷芳、孙洪伊、张开儒、程璧光、胡汉民分任财政、外交、内务、陆军、海军、交通各部部长,由孙中山照准任命。同时还任命军政府秘书长章炳麟,总参谋长李烈钧,海军总司令林葆怀,大元帅府新军总司令李福林,大元帅府参军长许崇智,军政府一军部司令陈炯明,大元帅府高等顾问吴景濂。广州军政府成立后,南北形成对峙局面,护法运动正式开始。
段祺瑞借张勋把黎元洪赶下台,又以“讨逆”名义打垮张勋,然后以国务总理掌握实权。他后来决定废弃《临时约法》和国会,另行召集一个临时参议院,以达到建立独裁政权的目的。孙中山指出,段的做法是“以伪共和易真复辟”。段只是形式上与袁世凯、张勋不一样,实质上与袁、张无别。7月17日,孙中山偕廖仲恺、朱执信等人,率领宣布自主的海军舰队到达广州。国会议员相继南来。8月25日,南下国会议员在广州召开非常会议。30日,非常国会通过《军政府组织大纲》。9月1日,非常国会选举孙中山为大元帅。孙中山就职以后,即宣布段祺瑞为民国叛逆,兴师北伐,开始维护《临时约法》的护法战争。
广州军政府大元帅孙中山身着戎装像